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哈爾濱醫科大學附屬第二醫院創建于1954年，是集醫療、教學、科研、預防、保健和康復為一體的大型綜合性三級甲等醫院。

醫院占地面積50萬平方米，建筑面積37萬平方米，擁有1個門診部、6個住院部，3所“院中院”―― 《風濕病醫院》、《心血管病醫院》和《五官醫院》。全院職工3241人，其中正、副高職732人，博士生導師62人，碩士生導師203人,享受國務院特殊津貼16人。編制床位2600張，年出院病人8萬余人次，年門診量超過100萬人次。醫院設有44個臨床科室、13個醫技科室，擁有國家新藥臨床實驗研究中心、國家藥品臨床研究機構、省部共建教育部心肌缺血和診療 技術重點實驗室、黑龍江省器官移植中心、產前診斷與遺傳病診斷中心、血液凈化中心、風濕病研究所、心血管外科研究所、黑龍江省麻醉與危重病學重點實驗室、黑龍江省高校藥物研究重點實驗室、移植免疫基礎與臨床應用重點實驗室、麻醉基礎理論與應用重點實驗室、哈爾濱醫科大學血液病研究所、藥學藥物研究所、呼吸病研究所、生殖內分泌醫學中心。醫院擁有伽瑪刀、X刀、3.0TMRI、64排螺旋CT、DSA、ECT等先進醫療設備。擁有先進的院科研實驗中心和院實驗動物中心。

醫院堅持開展高、精、尖醫療新技術，成功地完成心臟移植、肺移植、肝臟移植、脾臟移植、腎臟移植、睪丸移植、心肺聯合移植、胰腎聯合移植、甲狀腺-甲狀旁腺-胸腺聯合移植、角膜移植、骨髓移植等移植工作，使我院在器官移植種類、技術和質量等方面都居國內領先地位。截至2009年4月26日，“換心人”楊玉民已經術后17年，現仍健康生存，創造了心臟移植術后生命質量最好、生存時間最長的亞洲記錄。心臟移植課題組在2002年榮獲國家科技進步二等獎。肝臟移植病人也已健康存活12年。2006年成功完成全主動脈置換手術，成為國內能夠開展此項技術的兩家醫院之一。醫院以“病員至上，細心醫護”為院訓，重視醫德醫風建設，開展“以病人為中心”的整體護理工作，滿足、方便了不同層次患者的醫療、保健、康復需求，使我院整體護理工作走在了全國的前列。2001年4月，哈爾濱醫科大學護理學院在我院成立，同年5月，我院護理部李秋潔主任榮獲第38屆國際南丁格爾獎。

作為哈爾濱醫科大學臨床醫學院，醫院擁有三級學科博士點32個，臨床醫學博士后科研流動站和臨床藥學博士后科研工作站各1個,國家重點（培育）學科1個，省級重點學科11個,省特聘教授崗位學科8個。承擔博士生、碩士生、本科生等多層次、多軌道臨床教學任務。擁有5200平方米獨立的教學大樓，有多媒體教室及語音教室，有81臺計算機的網絡教室。醫院投巨資創建臨床模擬 教學中心，設9個技能室，培訓44名標準化病人，廣泛應用于臨床教學。醫院擁有13400平方米本、專科學生公寓，16000平方米的研究生公寓。

醫院重視科研工作。2001年以來各類課題共1060項，其中國家“863”、“973”、國家“十五”攻關、國家“十五”支撐計劃合作課題34項；國家杰出基金1項；國家自然科學基金66項。獲各級科技成果獎177項，其中國家級成果獎1項，省部級成果獎87項。在各類期刊學會上發表學術論文7164篇，被SCI收錄139篇。積極開展對外交流與協作，與美國匹茲堡大學、邁阿密大學、加拿大多倫多大學等26所大學與醫學院有著廣泛的聯系，并開展了多項科研合作，10年來僅在美國匹茲堡大學培訓醫務人員已達100余人次，該大學成為我院國外培訓的重要基地。幾年來，醫院加強了內、外環境的改造。2003年與國際接軌的現代化外科樓落成；2008年新門診大樓投入使用，實現了病房“賓館化”、庭院“花園化”，為病人營造了一個溫馨、舒適的就醫環境。2000年醫院投資在阿城興建了260萬平方米的科技園區，擁有國際標準高爾夫比賽球場。

一流的技術、一流的服務贏得了社會廣泛贊譽。醫院曾多次榮獲國務院、國家勞動人事部、衛生部、省政府嘉獎；先后榮獲“三級甲等醫院”、 “全國百佳醫院”、“全國衛生系統先進集體”、“全國綠化四百佳單位”、國家十四部委授予全國科技、文化、衛生“三下鄉”先進集體、“全國五一勞動獎狀”等光榮稱號。今天的哈醫大二院已成為學科齊全、設備先進、技術精湛、環境優美的現代化醫院和臨床醫學院；展望未來，哈醫大二院將堅持“質量建院、創新立院、人才強院、科教興院”的方針，為早日實現國內一流、國際有影響的醫院而努力奮斗。